События происходят в 2015 году. За пятнадцать лет до этого при странных обстоятельствах произошла ужаснейшая катастрофа - всемирное потопление или второй Удар (после первого удара умерли динозавры). Растаяли в Антарктиде льды, погибла огромная часть человеческой расы, практически вся суша оказалась под водой. Спецорганизация "NERV", действующая под эгидой ООН, создала Токио-3 - большую военную базу. Задание Токио-3 - защитить человечество от появившихся на Земле удивительных гигантских Ангелов или Посланников...